Berikut adalah daftar peringkat 100 perguruan tinggi terbaik di Indonesia versi Webometrics berdasarkan data terbaru yang rilis Januari 2017:

1. Universitas Gadjah Mada
2. Universitas Indonesia               
3. Institute of Technology Bandung
4. Bogor Agricultural University
5. Brawijaya University
6. Universitas Padjadjaran
7. Universitas Diponegoro
8. Universitas Riau
9. Universitas Udayana
10. Universitas Airlangga
                               
11. Universitas Sebelas Maret
12. Universitas Syiah Kuala
13. Universitas Hasanuddin
14. Universitas Lampung
15. Institut Teknologi Sepuluh Nopember
16. Universitas Jenderal Soedirman
17. Universitas Ahmad Dahlan Yogyakarta
18. Universitas Tadulako
19. Petra Christian University
20. Bina Nusantara BINUS University

21. Universitas Pendidikan Indonesia
22. Universitas Muhammadiyah Yogyakarta
23. Universitas Mercu Buana
24. Universitas Dian Nuswantoro
25. Universitas Surabaya
26. Universitas Katolik Indonesia Atma Jaya
27. Universitas Negeri Semarang
28. Universitas Narotama
29. Universitas Negeri Yogyakarta
30. Gunadarma University
31. Universitas Islam Indonesia
32. Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta
33. Universitas Esa Unggul (Universitas Indonusa)
34. Telkom University
35. Universitas Negeri Malang
36. Universitas Andalas
37. Universitas Sriwijaya
38. Universitas Islam Negeri Sunan Ampel Surabaya
39. Universitas Islam Negeri Maulana Malik Ibrahim Malang
40. Universitas Muhammadiyah Malang

41. Universitas Muhammadiyah Surakarta
42. Universitas Katolik Parahyangan
43. Universitas Tanjungpura
44. Universitas Jember
45. Universitas Sam Ratulangi
46. Universitas Kristen Satya Wacana
47. Universitas Terbuka
48. Universitas Trisakti
49. Universitas Widyatama
50. Universitas Jambi

51. State Islamic University of Radenfatah Palembang
52. Universitas Sumatera Utara
53. Universitas Bakrie
54. Islamic University of Sultan Agung
55. Universitas Bengkulu
56. Universitas Negeri Gorontalo
57. Universitas Bina Darma
58. Politeknik Perkapalan Negeri Surabaya
59. Universitas Pendidikan Ganesha
60. Institut Sains & Teknologi Akprind

61. Universitas Islam Bandung
62. Universitas Muhammadiyah Metro
63. Universitas Muhammadiyah Sidoarjo
64. Universitas Kristen Maranatha
65. Universitas Ibn Khaldun Bogor
66. Universitas Muhammadiyah Palembang
67. Universitas Sanata Dharma
68. Malang State Health Polytechnics
69. Universitas Pelita Harapan
70. Sekolah Tinggi Manajemen Informatika dan Komputer Jakarta

71. Electronic Engineering Polytechnic Institute of Surabaya
72. Universitas Negeri Surabaya               
73. Universitas Wahid Hasyim
74. IAIN Antasari Banjarmasin
75. Universitas Sultan Ageng Tirtayasa
76. Universitas Mataram
77. Universitas Medan Area
78. Universitas Muhammadiyah Sumatera Utara
79. Universitas Islam Negeri Walisongo Semarang
80. Universitas Malikussaleh

81. Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga Yogyakarta
82. Universitas Negeri Makassar
83. Universitas Mahammadiyah Purwokerto
84. Universitas Islam Negeri Sultan Syarif Kasim
85. Universitas Pattimura
86. Universitas Atma Jaya Yogyakarta
87. Institut Seni Indonesia Surakarta
88. Universitas Pembangunan Nasional Veteran Yogyakarta
89. Universitas Respati
90. STAIN Ponorogo

91. Universitas Mulawarman
92. Informatics and Computer College Stmik Amikom
93. Universitas Merdeka Pasuruan
94. Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan
95. Universitas Islam Negeri Sunan Gunung Djati Bandung
96. Surya University
97. Universitas Pasundan
98. Akademi Telkom Jakarta
99. Widya Manadala Catholic University
100. Institut Agama Islam Negeri IAIN Salatiga